Hoy nos hemos encontrado con el problema de que apache crea directorios con permisos solo 750, a pesar de poner un 777 en el mkdir desde php. Se solucionaría con un umask antes del mkdir, pero nos restringiría las aplicaciones como wordpress, y tampoco nos interesa un script que cambiase los permisos por las noches, así que hemos estado un rato buscando la solución.
En nuestro Centos del servidor, tras mucho indagar, y cambiar el .profiles del usuario apache sin ningún resultado, hemos visto que la solución está en editar /etc/sysconfig/httpd añadiendo a final un «umask 0002» y reiniciar el apache. A partir de entonces crea los directorios con un 770 sin problemas.
Espero que os ayude!!